1 stycznia 1998 r. Dom został oddany Zgromadzeniu Sióstr Miłosierdzia.
Stan techniczny budynku był bardzo zły, wymagał gruntownego remontu, zakupu wyposażenia, zagospodarowania podwórka.
Dzięki staraniom Zgromadzenia, życzliwości wielu osób oraz instytucji - prywatnych jak i państwowych, przez kolejne lata prowadzone były prace tak, aby Dom mógł spełniać wymagane standardy oraz zapewniać wychowankom możliwość rozwoju.
W roku 2004 oddano do użytku nowy budynek przeznaczony dla 14 wychowanków.
W roku 2005 otwaro Filię w Krzeszowicach przeznaczoną dla 14 wychowanków. Działała do końca 2013 roku.
W dniu 01.01.2014 r. Dom Dziecka św. Ludwiki zgodnie z Ustawą z dnia 09.06.2011 r. o wspieraniu rodziny i systemie pieczy zastępczej, zmienił nazwę na Centrum Placówek Opiekuńczo-Wychowawczych św. Ludwiki. Od 01.01.2017r. funkcjonuje jako Placówki Opiekuńczo-Wychowawcze św. Ludwiki. Realizacja zadania finansowana jest ze środków Miasta Krakowa oraz ofiar od osób prywatnych jak i różnych instytucji. Obecnie działają tutaj trzy placówki typu socjalizacyjnego, realizujące te same cele, co wcześniejszy dom dziecka: Placówka Opiekuńczo-Wychowawcza „Dwójka”, Placówka Opiekuńczo-Wychowawcza „Czwórka”, Placówka Opiekuńczo-Wychowawcza „Szóstka”.
